随着伊斯兰教的兴盛,阿拉伯人开始向中国传播伊斯兰教,其中有许多传教者留居新疆。如唐代曾有一批大食穆斯林沿丝绸之路至中原传教,一位名叫盖斯的穆斯林不幸得病身亡,葬于新疆星星峡。1944年,新疆广大穆斯林将其遗骨迁葬在哈密,名为“盖斯墓”,也称“绿拱北”或“圣人墓”。至今“盖斯墓”仍作为哈密的伊斯兰古迹,凭人吊念。又如明神宗万历年间,一名青海西宁叫努尔的回回阿訇,去阿拉伯朝觐,并在麦加学习、生活了5年,万历二十年(公元1592年),努尔阿訇率领800多名教徒来哈密地区传教,至今庙儿沟仍留有他的坟墓,墓石上用阿拉伯文刻着“向穆罕默德圣者的优越后代,在世界上建树伟大伊斯兰事业的奴尔阿訇致敬”。

 自元朝以来,被签发到新疆的中亚回回屯田者。有清一代,特别是乾隆年间自陕甘地区至新疆的回族屯田者,构成了新疆回族的另一来源。13世纪初叶,由于成吉思汗西征而被迫东迁的中亚各族人、波斯人和阿拉伯人大部分被编为“探马赤军”。据《元史·世祖本纪》记载:至元年间(13世纪下叶),新疆滕竭儿便有屯田回回3000户。     滕竭儿,是指胜纳合儿或特纳格儿,即今新疆昌吉回族自治州阜康县,这里一直是重要的回回垦区。清雍正、乾隆两朝,开始在全国范围内推行歧视和压迫回族的政策。乾隆三十六年,清政府以“屯垦实边”为名,将陕甘回民集体迁徙新疆。据当时户口统计,甘肃一地迁居迪化(今乌鲁木齐市)便有2万人以上,在大坂城居住的就有500户。通过大规模屯垦戍边,到19世纪60年代,回族已在新疆,尤其是北疆地区居民中占相当比重。当时“整个整个的县城,如玛纳斯县,居民一色是东干人,就连当时作为大行政中心的乌鲁木齐城里,东干入也比汉族人、满族人多,而在伊犁河谷更多。”这里的“东干人”即回族人。

从阿拉伯、中亚地区来中国经商以及来自陕甘地区的回回人,大批定居新疆。“回回善营利”,“回回商人遍天下”是回族经济一显著特点。所谓回回,是指永乐正统年间(公元1403—1435年)从阿拉伯各地来此经商的伊斯兰教徒。他们定居下来,成为哈密最早信仰伊斯兰育=教的民族。永乐十八年(公元1420年),哈密回回人已有了寺院,爱米尔·法哈鲁丁为宗教长官。随着乾隆年间开始向新疆的移民,来自陕甘两省的回民很快即在北疆操汉语的移民中占了“绝大部分”。他们中的许多人还冲破清政府的禁令,迁往南疆“在那里开饭馆和贩茶叶为生”。

 陕甘回民起义后,大批回民退至新疆。清政府采取“分而治之”的反动政策,在新疆大量安置失败了的起义者。后白彦虎带部分人马去了沙俄,但他们的许多后裔又回到了新疆,和当时未离开新疆的回族群众定居于伊犁、焉耆等地区。清政府还对陕甘起义回民实行迁徙政策,陕甘大批回民被迫迁居新疆。光绪二十三(公元1897)年,青海湟中县回民起义,义军战败后,被安置在罗布淖儿的便有6000余人。 

 回回军士戍守新疆或因兵事留居新疆者。回族卫戍新疆的历史是悠久的。早在元至元年间,就有大批回回人卫戍在南疆和田一带。在今昌吉回族自治州也有回回军士戍守。清代,更有大批回族兵士在新疆垦田戍守。平定张格尔叛乱后,清将屯田区扩展至南疆阿克苏、库车、和田以及喀什噶尔,这一带回族均以驻防军为主。咸同年间回民起义时,叶尔羌驻军半数以上为回族。据阿古柏伪政府时俄国使团的调查,当时仅南疆西部回族士兵已达15000人。 

 因教派纷争、自然灾难所迫而迁居新疆者。由于连续多年的甘宁青地区新老教派的流血斗争,使许多回族穆斯林被迫迁居新疆。此外,由自然灾难所迫,背井离乡,逃荒到新疆谋生的回族也不在少数。如1928年,甘肃固原发生大地震,许多回族家破人亡,只好“走西口”。而今米泉县羊毛乙一带的回民,就大多是从青海西宁南丰羊毛沟地方迁来的。